As estradas que compõem o Sistema Anchieta-Imigrantes (SAI) passam por uma região com características climáticas singulares e que alteram diretamente a operação das estradas sob concessão da Ecovias.

Sempre que a visibilidade na rodovia Imigrantes é inferior a 100 metros devido a neblina na região da Serra do Mar, é implantada a Operação Comboio. Viaturas da Ecovias e da Polícia Militar Rodoviária retém o tráfego e escoltam grupos de cerca de 500 veículos em velocidade reduzida até um ponto onde a visibilidade esteja melhor. Cada grupo de carros parte, em média, a cada 30 minutos.

Os crescentes números de movimentação de carga pelo Porto de Santos, obrigam a Ecovias a inovar constantemente as suas operações de tráfego. Pelo Sistema Anchieta-Imigrantes, passam cerca de 76 milhões de toneladas de cargas por ano. Nos casos em que essas cargas excedem as dimensões estabelecidas pela legislação, a concessionária deve criar condições para que esses veículos cheguem ao Porto sem colocar em risco a segurança ou causar transtornos aos usuários. Cargas com mais de 4,40m de altura, 2,80m de largura, 18,15m de comprimento e 45 toneladas de peso devem respeitar certos horários para transitarem pelo Sistema.

A programação dessas operações é feita com data e horário pré-estabelecidos após análise de fluxo de veículos e um estudo da rota que pode ser utilizada, levando em conta as limitações do Sistema, como, por exemplo, largura da pista, capacidade de pontes e a altura de túneis.

O transporte de carga especial é baseado nos limites estabelecidos pelo código de trânsito brasileiro e realizado diante de Autorização Especial de Trânsito (AET), concedida pelo Departamento de Estradas e Rodagem (DER), responsável por recolher todos os dados referente à carga.

Todas as operações devem ser programadas e acompanhadas por uma equipe da ECOVIAS, juntamente com a empresa transportadora e a Polícia Militar Rodoviária. Para garantir a fluidez do tráfego no Sistema Anchieta-Imigrantes, as operações são realizadas em até 4 horas, durante a madrugada, com início à 1h e prazo para término às 4h. Sempre que necessário, a rodovia é interditada, visando a segurança da operação e dos usuários do Sistema.